การศึกษาสกัดดีเอ็นเอจากเนื้อเยื่อกุ้งพบว่าวิธีสกัดที่ พัฒนามาจากวิธีของ McCouch et al. (1988) ให้ผลผลิต ที่มีคุณภาพดีและปริมาณสูงกว่าวิธีสกัดอื่น นอกจากนี้ยังสามารถ ใช้ในการสกัดดีเอ็นเอจากเนื้อเยื่อกุ้งที่ผ่านการเก็บรักษาใน สารละลายฟอร์มาลินและแอลกอฮอล์ได้ดี จากการศึกษาความ หลากหลายทางชีวภาพของกุ้งด้วยเทคนิค DNA marker 3 วิธี คือ mitochondrial-specific markers, random amplified polymorphic DNA (RAPD) และ amplified fragment length polymorphism (AFLP) พบว่าเทคนิค mitochondrial-specific markers ซึ่งได้ศึกษาส่วนของ ดีเอ็นเอบริเวณยีน 12s และ 16s rDNA ของกุ้ง 8 ชนิด แสดงให้เห็นความแตกต่างอย่างขัดเจนหลังการตัดด้วยเอ็นไซม์ ตัดจำเพาะ 9 ชนิด โดยพบชิ้นดีเอ็นเอทั้งหมด 77 ตำแหน่ง มีค่าความแตกต่าง (percent of polymorphism) อยู่ระหว่าง 33.33 ถึง 88.74 เปอร์เซ็นต์ ค่าดัชนีความเหมือน (similarity index) ของกุ้งแต่ละชนิดอยู่ระหว่าง 0.1026 ถึง 0.6667 สำหรับ การใช้เทคนิค RAPD ด้วย RAPD primer 3 ชนิดคือ OPAE 04, OPAE 06 และ OPAE 09 ศึกษาความแตกต่างของของกุ้ง 12 ชนิด พบว่าทั้ง 3 RAPD primer ทำให้เกิดชิ้นดีเอ็นเอรวมกันทั้งหมด 51 ตำแหน่งและสามารถแยกความแตกต่างของกุ้งทั้ง 12 ชนิดได้ชัดเจน มีค่าความแตกต่างอยู่ระหว่าง 48.34 ถึง 100 เปอร์เซ็นต์และค่า ดัชนีความเหมือนอยู่ระหว่าง 0.0000 ถึง 0.5263 สำหรับเทคนิค AFLP ได้ศึกษาโดยใช้ 2 primer combination คือ ER -GTC, MS -ACC และ ER -GTC, MS -ACT ให้ผลผลิตของชิ้นดีเอ็นเอที่มี ขนาดระหว่าง 200 ถึง 726 คู่เบสของกุ้ง 12 ชนิดทั้งหมด 150 ตำแหน่ง มีค่าความแตกต่างอยู่ระหว่าง 66.67 ถึง 100 เปอร์เซ็นต์ และค่าดัชนีความเหมือนอยู่ระหว่าง 0.0000 ถึง 0.3333 เมื่อนำ ผลจากทั้ง 3 เทคนิคมาศึกษาความสัมพันธ์ของกุ้งแต่ละชนิดพบว่าเทคนิค mitochondrial-specific markers มีความเหมาะสมมากกว่าอีก 2 เทคนิค เปรียบเทียบจาก dendrogram ที่ได้สามารถแสดงให้เห็น ความสัมพันธ์ที่สอดคล้องกับลักษณะรูปร่างภายนอก ส่วน RAPD และ AFLP ให้ผลไม่ชัดเจนและเหมาะในการใช้ศึกษาความแตกต่างของ กุ้งภายในชนิดเดียวกัน