ในการวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมของหอยเป๋าฮื้อในประเทศไทย 3 ชนิดคือชนิดคือ ~iHaliotis asinina, H. ovina,~i และ ~iH. varia~i โดยเทคนิค RAPD-PCRและ PCR-RFLP ของ 18S และ 16S rDNAs พบชิ้น RAPD ที่จำเพาะต่อชนิดหอยเป๋าฮื้อจากการใช้ไพรเมอร์ INS, YN73 และ M13 การวิเคราะห์โดยการตัดของ 18S rDNA (nuclear marker)ด้วย ~iAlu~i I ~iTaq~i I และ ~i Hae~i III และ 16S rDNA (mitochondrial marker)ด้วย ~iBam~iH I, ~iEco~iR I, ~iHae~i III และ ~iAlu~i I ให้ 12 และ 13 แบบการตัดสำหรับ 18S rDNA และ 16S rDNA ตามลำดับ พบ composite haplotype ทั้งหมดจำนวน49 haplotypes โดยค่าระยะห่างทางพันธุกรมระหว่างคู่ composite haplotypes ภายในสปีชีส์ต่ำกว่าระหว่าง สปีชีส์ จากการสร้างแผนภูมิความสัมพันธ์ในเชิงวิวัฒนาการโดยใช้วิธี UPGMA ที่สร้างจากค่า divegence ระหว่าง cmposite haplotypes ระหว่างกลุ่มตัวอย่างและระหว่างชนิดแสดงให้เห็นความแตกต่างของ gene pools ของหอยเป๋าฮื้อแต่ละชนิด โดย ~iH. asinina~iมีความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมใกล้เคียงกับ ~iH.ovina~i มากกว่า ~iH. varia~iการวิเคราะห์ geographic heterogeneity และการประมาณค่า ~iF~i(,ST) ชี้ให้เห็นถึงโครงสร้างประชากรในหอยเป๋าฮื้อแต่ละชนิด และพบโครงสร้างประชากร (population structure)ที่ชัดเจนระหว่าง ~iH. ovina~i ที่มาจากทะเลอันดามันและอ่าวไทย (P<0.0001) ในขณะที่พบความแตกต่างระหว่าง ~iH. asinina~i จาก Philippines กับกลุ่มตัวอย่างที่เหลือทั้งหมด(P<0.0021) ทำการโคลนชิ้น 16S rDNA จากตัวแทนหอยเป๋าฮื้อที่มี composite haplotype ทั้ง10 haplotypes นำมาหาลำดับเบส แผนภูมิความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการที่สร้างจาก divergenceของลำดับเบสของ 16S rDNA แสดงความสัมพันธ์ที่ใกล้เคียงกันภายในแต่ละชนิดของหอยเป๋าฮื้อ นอกจากนั้นการหาลำดับนิวคลีโอไทด์ยังแสดงถึงความเป็นไปได้ที่จะพัฒนา PCR ที่จำเพาะต่อชนิดของหอยเป๋าฮื้ออีกด้วย