จากการศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมของหอยนางรมในประเทศไทยจำนวน 5 ชนิด คือ Crassostrea belcheri (Sowerby, 1871), C.iredalei(Faustino, 1932) , Saccostrea cucullata (Born, 1778), S. forskali(Chemnitz, 1785) และ Striostrea (Parastriostrea) mytiloides(Lamarck, 1819) โดยเทคนิค PCR-RFLP ของยีน 16S rDNA (mitochondrial DNA)ด้วย Acs I, Alu I, Dde I, Dra I, Rsa I และ Taq I ของยีน COI (mitochondrialDNA) ด้วย Acs I, Dde I และ Mbo I และยีน 18S rDNA (nuclear DNA) ด้วย HinfI พบจำนวน composite haplotype ทั้งหมด 54 haplotypes โดยพบ compositehaplotypes ที่จำเพาะต่อหอยนางรมที่มีการเพาะเลี้ยงในเชิงพาณิชย์ (C. belcheri,C. iredalei และ S. cucullata) เมื่อทำการวิเคราะห์ค่าความห่างทางพันธุกรรมระหว่างคู่ composite haplotypes พบว่าภายในสปีซีส์เดียวกันมีค่าความห่างทางพันธุกรรมต่ำกว่าระหว่างสปีซีส์ และจากการสร้างแผนภูมิความสัมพันธ์ในเชิงวิวัฒนาการโดยใช้วิธี neighbor-joining ที่สร้างจากค่า nucleotide divergence ระหว่างสปีซีส์พบว่าสามารถแยกหอยนางรมในสกุล Crassostrea และ Saccostrea (รวมทั้ง S. mytiloides)ออกจากกัน และพบว่าภายในหอยนางรมสกุลเดียวกันจะมีความสัมพันะใกล้ชิดกันมากระหว่างสกุลที่ต่างกัน เมื่อทำการวิเคราะห์พันธุกรรมหอยนางรมที่ไม่สามารถจำแนกชนิดได้แน่ชัดด้วยสัณฐานวิทยาจำนวน 4 กลุ่ม (Crassostrea sp., Saccostrea sp. กลุ่ม1, 2 และ 3) พบว่า Crassostrea sp. และ Saccostrea sp. กลุ่ม 2 แสดงเครื่องหมายที่จำเพาะต่อสปีซีส์ทั้ง single และ composite haplotypes ในขณะที่ Saccostrea sp. กลุ่ม 3 แสดง composite haplotypes ที่พบใน S. forskaliและ S. mytiloides และพบว่า Saccostrea sp. กลุ่ม 1 มี composite haplotypesDFGABABAHP ซึ่งพบใน S. forskali สำหรับ haplotypes ที่เหลือของสปีซีส์นี้ไม่พบในหอยนางรมชนิดอื่น ๆ แต่ haplotypes เหล่านี้มีความถี่ต่ำ ทำการโคลนและหาลำดับเบสยีน COI จากตัวอย่างหอยนางรมชนิด C. belcheriที่มี haplotype AAAAAAAAAA, ตัวอย่าง C. iredalei ที่มี haplotype แบบBBBBAAAABC และตัวอย่าง S.cucullata ที่มี haplotype แบบ CDCCBBBBCDจากลำดับเบสที่ได้แสดงให้เห็นว่าชิ้นดีเอ็นเอที่นำมาโคลนนั้นเป็นยีน COI แน่นอนเนื่องจากมีความเหมือนกับลำดับเบสของยีน COI ของหอยนางรมอื่น ๆ ในสกุลCrassostrea, Saccostrea และ Ostrea ใน GenBank อย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ(p< 0.0001) แสดงว่าชิ้นดีเอ็นเอ COI จากหอยนางรมชนิดต่าง ๆ ที่ใช้ในการศึกษาเป็น homologous กัน ทำการออกแบบรีเวิร์สไพรเมอร์จำนวน 2 ไพรเมอร์ (R301และ R353) นำมาใช้กับไพรเมอร์ HCO2198 เพื่อเพิ่มปริมาณดีเอ็นเออย่างจำเพาะด้วยเทคนิคพีซีอาร์ พบว่าผลผลิตพีซีอาร์ที่ได้จากทั้ง 2 ไพรเมอร์ใหม่ความจำเพาะที่ดีกว่าการใช้ไพรเมอร์คู่เดิม โดยสามารถเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอได้เฉพาะหอยนางรมชนิด C. belcheri และ C. iredalei แต่ไพรเมอร์ R353 ให้ผลดีกว่า R301เมื่อตัดผลผลิตพีซีอาร์ที่ได้จาก R353 ด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ Mbo I พบว่าสามารถจำแนกหอยนางรมชนิด C. belcheri และ C. iredalei ออกจากกันได้