ปัจจุบันในพื้นที่กรุงเทพมหานครและปริมณฑล หน่วยงานราชการ/รัฐวิสาหกิจและหน่วยงานเอกชนมีการสูบน้ำบาดาลในปริมาณที่สูงมาก จึงส่งผลทำให้ชั้นน้ำนนทบุรีได้รับผลกระทบจากการลดระดับของน้ำบาดาลและการรุกล้ำของน้ำเค็มที่มีแนวโน้มเพิ่มขึ้น ดังนั้นในการศึกษาครั้งนี้จึงได้นำเอาแบบจำลอง MODFLOW และแบบจำลอง MT3D มาใช้ในการจำลองสภาพการไหลและการรุกล้ำของน้ำเค็ม ผลการประมาณอัตราการสูบน้ำบาดาลโดยเปรียบเทียบกับผลของค่าระดับน้ำบาดาล ในปี2540 พบว่า กรุงเทพมหานครและปริมณฑล (7 จังหวัด) มีการใช้น้ำประมาณวันละ 2,490,829ลูกบาศก์เมตร มาจากภาคเอกชนประมาณ 1,351,408 ลูกบาศก์เมตร และภาคราชการประมาณ1,139,421 ลูกบาศก์เมตร คิดเป็น 54% และ 46% ของปริมาณการใช้น้ำบาดาลทั้งหมด ตามลำดับซึ่งมีแนวโน้มเพิ่มขึ้นปีละ 5.1% ในช่วงปี 2526-2540 โดยที่การใช้น้ำส่วนใหญ่อยู่ในภาคอุตสาหกรรม44% สำหรับการใช้น้ำเพื่ออุปโภคบริโภค 29% หน่วยงานราชการอื่นๆ 17% และการประปาทั้งสอง 10%ตามลำดับ ผลการจำลองสภาพในช่วงปี 2536-2540 พบว่า มวลเกลือของชั้นน้ำนนทบุรีมาจากทะเล 84%และการรั่วจากชั้นน้ำนครหลวง 16% ของมวลเกลือที่ไหลเข้า สำหรับการไหลออกไปยังชั้นน้ำด้านข้าง91% ของมวลเกลือที่ไหลออกจากการสูบน้ำ 1% และจากการรั่วซึมออกชั้นน้ำสามโคก 3% จากเปอร์เซ็นต์การไหลเข้าและออกจากชั้นน้ำนนทบุรี ชี้ว่าแหล่งของน้ำเค็มนี้มาจากการรั่วซึมของน้ำเค็มจากทะเลและละลายจากเกลือในชั้นดินเหนียวอ่อนกรุงเทพ และชั้นน้ำนครหลวงได้ และความสัมพันธ์ของพื้นที่ที่ได้รับผลกระทบจากน้ำเค็มกับอัตราการสูบน้ำ พบว่าพื้นที่ที่ได้รับผลกระทบหรือการแพร่ของน้ำเค็มเป็นสัดส่วนโดยตรงกับอัตราการสูบน้ำ และพื้นที่ที่ประสบปัญหาการแทรกตัวของน้ำเค็มอยู่บริเวณจังหวัดปทุมธานี สมุทรปราการ และสมุทรสาคร แนวทางในการแก้ไขและป้องกันการรุกล้ำของน้ำเค็มในชั้นน้ำนนทบุรี ควรควบคุมอัตราการสูบน้ำบาดาลให้ลดลงในอัตรา 2-4% ต่อปี จากปี 2540 โดยเฉพาะในพื้นที่กรุงเทพตอนบน และบางส่วนของปทุมธานีเพื่อลดความเสี่ยงในการแพร่ขยายของน้ำกร่อยต่อไปในชั้นน้ำนนทบุรี