ในการศึกษาความแปรผันทางพันธุกรรมของประชากรกุ้งกุลาดำจากธรรมชาติ5 แหล่งของประเทศไทย ทำการเก็บตัวอย่างกุ้งจากทะเลอันดามัน 3 แหล่ง คือจังหวัดสตูล ตรัง และพังงา และจากอ่าวไทย 2 แหล่ง คือ จังหวัดชุมพร และตราดโดยทำการตรวจสอบไมโครแซเทลไลต์ดีเอ็นเอ (microsatellite DNA) ซึ่งอาศัยขบวนการลูกโซ่โพลีเมอร์เรส (Polymerase chain reaction) พบว่าทุกตำแหน่งของไมโครแซเทลไลต์ (CUPmo18, Di25, และ Di27) มีความหลากหลายสูง และให้ค่าจำนวนอัลลีล (allele) ต่อตำแหน่ง คือ 37, 34 และ 32 อัลลีล ตามลำดับเมื่อศึกษาประชากร 5 กลุ่ม โดยใช้ไมโครแซเทลไลต์ 3 ตำแหน่งนี้ให้ค่าเฮเทอโรไซโกซิตี้ (heterozygosity) ในช่วง 0.66 ถึง 0.80 และให้ค่าเฉลี่ยของจำนวนอัลลีลในแต่ละตำแหน่งอยู่ในช่วง 22.23-26.33 ค่า effective number of allelesชี้ให้เห็นว่า กลุ่มประชากรจากจังหวัดชุมพร (17.57) มีความแปรผันทางพันธุกรรมสูงกว่าตรัง (16.97), ตราด (15.15), สตูล (14.3) และพังงา (14.18)ตามลำดับ ความถี่ของอัลลีลของกลุ่มประชากรไม่เป็นไปตามกฎของ Hardy-Weinbergเนื่องจากในทุกกลุ่มประชากรมีจำนวนของโฮโมไซโกต (homozygote) มาก อย่างไรก็ตามเมื่อศึกษาการถ่ายทอดทางพันธุกรรม พบว่าไมโครแซเทลไลต์ทั้ง 3 ตำแหน่งมีการถ่ายทอดอัลลีลตามกฎของเมนเดล เมื่อตรวจสอบโดยใช้ไมโครแซเทลไลต์ที่ตำแหน่ง CUPmo18 และ Di25 พบการกระจายตัวของความถี่ของอัลลีลของกลุ่มประชากรจากทะเลอันดามันแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญกับกลุ่มประชากรจากอ่าวไทยและที่ตำแหน่งทั้ง 2 นี้ยังให้ความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญภายในกลุ่มประชากรจากอ่าวไทย คือ กุ้งจากจังหวัดชุมพรและจังหวัดตราด เมื่อทำการวิเคราะห์ทางสถิติเพื่อดูโครงสร้างประชากร พบว่าค่าสัมประสิทธิ์ของความแตกต่างของยีนในกลุ่มประชากรทั้งหมด (+,q) มีค่าเฉลี่ยเท่ากับ 0.009(95% Cl = 0.0011, 0.0175) แสดงให้เห็นว่ามีความแตกต่างระหว่างกลุ่มประชากรน้อย อย่างไรก็ตามเมื่อศึกษา geographic heterogeneity และนำมาแสดงความสัมพันธ์ในเชิงแผนภูมิ โดยใช้วิธีของ Neighborjoining สามารถแบ่งกลุ่มกุ้งกุลาดำของไทยออกเป็น 3 กลุ่มคือ กลุ่มที่ 1 สตูล, ตรัง และพังงากลุ่มที่ 2 ชุมพร และกลุ่มสุดท้ายคือตราด