การวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมของไมโทคอนเดรียลดีเอ็นเอของผึ้งโพรงไทย ~iA. cerana~i โดยใช้ PCR-RFLP บริเวณ control regionของตัวอย่างผึ้งโพรง 125 รังจาก 6 กลุ่มประชากร ได้แก่ 1) ภาคเหนือ,2) ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ, 3) ภาคกลาง, 4) ภาคใต้, 5) เกาะสมุย และ6) เกาะภูเก็ต การเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอในบริเวณดังกล่าวด้วย PCR ทำโดยใช้ไพร์เมอร์ AM8 และ AM11 ซึ่งออกแบบจากลำดับดีเอ็นเอของผึ้งพันธุ์ ~iA. mellifera~iให้ผลิตภัณฑ์ PCR ของผึ้งโพรงขนาด 2,750 คู่เบส เมื่อนำมาตัดด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะ ~iTaqI, RsaI~i และ HinfI ให้รูปแบบของแถบดีเอ็นเอจำนวน 2, 3และ 10 รูปแบบตามลำดับ และมีรูปแบบรวมที่แตกต่างกัน 11 รูปแบบ จากค่าgenetic distance และ nucleotide divergence นำมาสร้างความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการสามารถจัดกลุ่มตัวอย่างผึ้งโพรงได้ 2 กลุ่มหลักได้แก่ กลุ่มทางตอนเหนือ (ภาคเหนือ, ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ และภาคกลาง) และกลุ่มทางตอนใต้ (ภาคใต้, เกาะสมุย และเกาะภูเก็ต) โดยมีค่า nucleotidedivergence ระหว่างกลุ่มเป็น 3.8% เมื่อวิเคราะห์ความแตกต่างระหว่างกลุ่มประชากรด้วย Monte Carlo simulation (Chi-square) และค่าFst พบว่า สามารถแยกกลุ่มผึ้งโพรงจากเกาะสมุยออกจากกลุ่มตอนใต้ได้