ridm@nrct.go.th   ระบบคลังข้อมูลงานวิจัยไทย   รายการโปรดที่คุณเลือกไว้

การตรวจสอบพันธุกรรมของเชื้อเฮอร์ปีส์ไวรัสที่เป็นสาเหตุการตายของช้างไทย และการพัฒนาวิธีการ real-time PCR เพื่อการวินิจฉัยโรค

หน่วยงาน สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย

รายละเอียด

ชื่อเรื่อง : การตรวจสอบพันธุกรรมของเชื้อเฮอร์ปีส์ไวรัสที่เป็นสาเหตุการตายของช้างไทย และการพัฒนาวิธีการ real-time PCR เพื่อการวินิจฉัยโรค
นักวิจัย : ปรีดา เลิศวัชระสารกุล
คำค้น : Asian elephant , Elephant Endotheliothopic Herpesvirus , Evagreen base real time PCR , High resolution melting , Polymerase chain reaction , ช้างเอเชีย , ปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอร์เรส , เชื้อเฮอร์ปีส์ไวรัส
หน่วยงาน : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย
ผู้ร่วมงาน : -
ปีพิมพ์ : 2557
อ้างอิง : http://elibrary.trf.or.th/project_content.asp?PJID=MRG5480217 , http://research.trf.or.th/node/7775
ที่มา : -
ความเชี่ยวชาญ : -
ความสัมพันธ์ : -
ขอบเขตของเนื้อหา : -
บทคัดย่อ/คำอธิบาย :

Elephant Endotheliotropic Herpesvirus (EEHV) พบมีหลายสายพันธุ์ที่เป็นสาเหตุการตายของช้างอายุน้อยในหลายประเทศ การศึกษาครั้งนี้ได้เก็บรวบรวมตัวอย่างเนื้อเยื่อ ได้แก่ ปอด หัวใจ และลิ้น หรือ เลือดของช้างเอเชียจำนวน 9 เชือกที่แสดงอาการทางคลินิก หรือรอยโรคจากการติดเชื้อไวรัส จากโรงพยาบาลสัตว์มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ กำแพงแสน และปางช้างระหว่างปี ค.ศ. 2007 ถึง 2013 ตัวอย่างจะถูกสกัดดีเอ็นเอสำหรับการตรวจสอบด้วยเทคนิค PCR โดยใช้ไพรเมอร์ที่จำเพาะกับยีน terminase และ DNA polymerase พบว่า 7 ตัวอย่างให้ผลบวกกับไพรเมอร์ที่จำเพาะต่อ EEHV1 และ 2 ตัวอย่างให้ผลบวกกับไพรเมอร์ที่จำเพาะกับเชื้อทั้ง EEHV3 และ EEHV4 จากการวิเคราะห์ลำดับเบสพบว่า 6 จาก 7 ตัวอย่างที่ให้ผลบวกกับ EEHV1 มีสายพันธุ์ย่อย EEHV1A ขณะที่ 1 ตัวอย่างเป็น EEHV1B ส่วนตัวอย่างที่ให้ผลบวกกับไพรเมอร์ที่จำเพาะกับ EEHV3 และ EEHV4 พบว่าลำดับเบสเหมือนกับเชื้อ EEHV4 นอกจากนั้นในการศึกษายังได้ทำการพัฒนาวิธีการตรวจสอบหาเชื้อ EEHV ด้วยเทคนิค EvaGreen based real-time PCR HRM โดยออกแบบไพรเมอร์ในส่วนยีน terminase ของไวรัส พบว่าอุณหภูมิที่เหมาะสมในการทำปฏิกิริยาในขั้นตอน Annealing/Extension อยู่ที่ 59°C ไพรเมอร์ที่ใช้สามารถเพิ่มจำนวนชิ้นยีนได้จากเชื้อทั้ง 3 สายพันธุ์ที่ตรวจพบในประเทศไทย และไม่พบการเพิ่มชิ้นดีเอ็นเอจากตัวอย่างช้างสุขภาพดี จากการทดสอบหา Melting temperature (Tm) ด้วยเทคนิค HRM พบว่าทั้ง 3 สายพันธุ์มีค่า Tm ที่แตกต่างกัน โดยเชื้อ EEHV1A มีอุณหภูมิอยู่ที่ 77.5°C, เชื้อ EEHV1B มีอุณหภูมิอยู่ที่ 77.0°C และเชื้อ EEHV4 มีอุณหภูมิอยู่ที่ 82.1°C เทคนิคนี้มีความไวในการตรวจสอบพบเชื้อที่ 1 copy number ซึ่งดีกว่าถึง 100 เท่าเมื่อเปรียบเทียบกับเทคนิค PCR ส่วนการตรวจสอบค่า repeatability และ reproducibility พบว่าอยู่ในช่วงที่น่าพอใจ ข้อมูลจากการศึกษาแสดงให้เห็นว่าเชื้อ EEHV ที่พบจากช้างเอเชียในประเทศไทยที่ติดเชื้อในช่วงปี ค.ศ. 2007 ถึง 2013 มีสาเหตุมาจากเชื้อ 3 สายพันธุ์ ได้แก่ EEHV1A, EEHV1B และ EEHV4 และจากการพัฒนาเทคนิค EvaGreen based real-time PCR HRM มีความไวในการตรวจสอบสูง และสามารถแยกสายพันธุ์ของเชื้อทั้ง 3 สายพันธุ์ที่พบในประเทศไทยในขบวนการเดียว ข้อมูลจากการวิจัยครั้งนี้เป็นข้อมูลสำคัญในการตรวจวินิจฉัยโรค และการศึกษาทางระบาดวิทยาต่อไป The several strains of Elephant Endotheliothopic Herpesvirus (EEHV) are caused fatal disease in young Asian elephants in many countries. The sampled tissues included lung, heart and tongue or blood of 9 Asian elephants that showed clinical signs or lesions of the viral infection were collected at Kasetsart University Veterinary Teaching Hospital Kamphaengsaen and elephant camps during 2007 to 2013. The DNA extracted from all samples was amplified with PCR technique using specific primers based on terminase and DNA polymerase genes. Seven and two samples revealed positive amplicons from EEHV1 and EEHV3/EEHV4 specific primers, respectively. The six out of seven samples of EEHV1 PCR positive presented the EEHV1A by nucleotide sequence and the one sample was EEHV1B. The sample from EEHV3/4 PCR positive was identified as EEHV4 strain with nucleotide analysis. Moreover, the aims of this research were developing of EvaGreen based real-time PCR HRM which primer set was designed from the terminase gene obtained from GenBank database and Thai isolated strains. The 59°C was optimal temperature in the annealing/extension step which can be amplified the three strains isolated in Thailand but no amplified from DNA of healthy elephant. Melting temperature (Tm) in HRM technique of the three strains has been difference temperature i.e., 77.50°C for EEHV1A, 77.00°C for EEHV1B and 82.10°C for EEHV4. The developing technique can be detected 10 copy number that 100 times sensitive than the conventional PCR. The value of repeatability and reproducibility were well satisfactory. Three strains including EEHV1A, EEHV1B and EEHV4 have been verified from infected elephants in Thailand during 2007 to 2013. Developing of EvaGreen based real-time PCR HRM technique includes high sensitivity and precisely distinguishes the viral strains isolated in Thailand with the same process. This knowledge is a practical tool for diagnosis and epidemiology.

บรรณานุกรม :
ปรีดา เลิศวัชระสารกุล . (2557). การตรวจสอบพันธุกรรมของเชื้อเฮอร์ปีส์ไวรัสที่เป็นสาเหตุการตายของช้างไทย และการพัฒนาวิธีการ real-time PCR เพื่อการวินิจฉัยโรค.
    กรุงเทพมหานคร : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย.
ปรีดา เลิศวัชระสารกุล . 2557. "การตรวจสอบพันธุกรรมของเชื้อเฮอร์ปีส์ไวรัสที่เป็นสาเหตุการตายของช้างไทย และการพัฒนาวิธีการ real-time PCR เพื่อการวินิจฉัยโรค".
    กรุงเทพมหานคร : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย.
ปรีดา เลิศวัชระสารกุล . "การตรวจสอบพันธุกรรมของเชื้อเฮอร์ปีส์ไวรัสที่เป็นสาเหตุการตายของช้างไทย และการพัฒนาวิธีการ real-time PCR เพื่อการวินิจฉัยโรค."
    กรุงเทพมหานคร : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย, 2557. Print.
ปรีดา เลิศวัชระสารกุล . การตรวจสอบพันธุกรรมของเชื้อเฮอร์ปีส์ไวรัสที่เป็นสาเหตุการตายของช้างไทย และการพัฒนาวิธีการ real-time PCR เพื่อการวินิจฉัยโรค. กรุงเทพมหานคร : สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย; 2557.